Met behulp van aangepaste technieken worden de aaltjes uit grond, substraten, planten of plantendelen geïsoleerd. De identificatie gebeurt meestal op basis van de morfologische kenmerken. Voor moeilijkere soorten zetten we moleculaire identificatiemethoden in (sommige wortelknobbelaaltjes en cysteaaltjes).
Bij vaststelling van cysten wordt ook de inhoud van de cysten geteld (het aantal eitjes en juvenielen in de cysten). Als extra analyse kan ook de levensvatbaarheid worden bepaald (of de eitjes en juvenielen in de cyste nog leven). Hoe een analyse voor cysten verloopt is te zien in het filmpje “Identificering van aardappelcysteaaltjes”.
