Schimmels

Inleiding en situering

In het mycologisch laboratorium worden voornamelijk diagnoses uitgevoerd op planten en plantaardige producten die vermoedelijk aangetast zijn door plantpathogene schimmels. Het vaststellen van specifieke schimmels zoals Verticillium, Pythium en Phytophthora in grond- en waterstalen behoort eveneens tot onze activiteiten. Schimmelisolaten kunnen op vraag gedetermineerd worden via morfologische kenmerken of via sequenering van specifieke genen (rDNA ITS, beta-tubuline, COX, etc.) en alignering van de sequenties met deze in databanken.

In opdracht van het F.A.V.V. voert het labo geaccrediteerde (ISO 17025) en niet-geaccrediteerde analyses uit voor de detectie van quarantaineschimmels naar aanleiding van nationale opsporingsacties en/of import- en exportcontrole op planten en hun afgeleiden. Het merendeel van dergelijke analyseaanvragen betreffen Phytophthora ramorum, P. kernoviae, Monilinia fructicola, Tilletia indica, Claviceps purpurea en Guignardia citricarpa.

Behalve detectie en diagnose worden ook resistentietoetsen uitgevoerd. Specifiek zijn we gespecialiseerd in het bepalen van de gevoeligheid van kandidaat chrysantencultivars t.o.v. welbepaalde pathotypes van Puccinia horiana. We dragen ook bij tot het screenen van de gevoeligheid van maïscultivars t.o.v. Rhizoctonia solani. Op vraag van en in overleg met de klant kunnen ook biotoetsen met andere organismen ontwikkeld en uitgevoerd worden.

Het labo draagt actief bij tot de werking van het E.M.N. (European Mycological Network), waardoor het ook beroep kan doen op internationale expertise en op de laatste protocollen. Tevens gebruikt E.P.P.O. (European and Mediterranean Plant Protection Organisation) het E.M.N. als expertorgaan voor de ontwikkeling en evaluatie van protocollen voor gereglementeerde schimmels.

Hoe wordt diagnose en opsporing uitgevoerd?

De gebruikte analyse is afhankelijk van de soort pathogeen of het type symptoom.

Obligaat pathogenen (bv. valse of echte meeldauw) worden direct op de plant gedetermineerd. Dit gebeurt doorgaans door microscopische analyse van de schimmelstructuren. Eventueel is incubatie van de plant in vochtige kamer noodzakelijk.

Niet-obligaat pathogenen worden doorgaans pas na isolatie en uitplating op verschillende voedingsmedia (PDA, P5ARP, Komada’s, MSEA, …) geïdentificeerd. Daarnaast worden de stalen ook geïncubeerd voor eventueel rechtstreeks onderzoek.

Microscopische determinatie van schimmelstructuren   Microscopisch zicht op mycelium en duursporen van Phytophthora ramorum   Microscopisch zicht op sporendragers en sporen van Thielaviopsis basicola

De detectie van pathogene schimmels in waterstalen gebeurt ofwel direct door filtratie en uitplating van de filter op voedingsmedia, ofwel indirect via een rododendron bladloktoets. De directe methode is gebaseerd op de rechtstreekse isolatie van levende schimmelfragmenten uit het water en is daardoor kwantitatief. Deze methode wordt voornamelijk gebruikt ter controle van de goede werking van ontsmettingssystemen (UV, langzame zandfilter, ...) van recirculerende voedingsoplossingen bij hydrocultuur. De bladloktoets is indirect en daardoor slechts semi-kwantitatief maar de methode is beter geschikt voor de gevoelige detectie van Pythium of Phytophthora in grotere volumes, zoals opslagtanks. Voor deze loktoets worden blaadjes in een watertank gehangen gedurende 3 tot 5 dagen waarbij eventueel aanwezige zoösporen van Pythium of Phytophthora het blad kunnen infecteren. De bladeren worden naar het labo verzonden waar de lesies geanalyseerd worden via uitplating en microscopische determinatie van de uitgroeiende Pythium en Phytophthora soorten.

Voor detectie van bodempathogenen wordt gewerkt met loktoetsen (bv. voor Phytophthora soorten) of met extractietechnieken (bv. voor de microscleroten van Verticillium dahliae). Dergelijke technieken laten toe om een relatief groot en daardoor representatief staal te verwerken. Deze analyses gebeuren doorgaans in combinatie met uitplating op semi-selectieve voedingsmedia zoals MSEA.

Automatische schudzeefmachine met waterjet voor de extractie van (micro)scleroten van schimmels uit grond   Microscopisch zicht op sporendragers (heldere, uitstekende structuren) en microscleroten (zwarte structuren) van Verticillium dahliae

In specifieke gevallen wordt zowel voor plantenstalen, waterstalen als grondstalen ook gebruik gemaakt van moleculaire detectietechnieken. Deze methoden zijn gebaseerd op DNA extractie en klassieke of real-time PCR en geven op een relatief snelle en betrouwbare manier een uitsluitsel over het al of niet aanwezig zijn van een doelorganisme.

Indien geen plantpathogenen als oorzaak van de schade worden aangetoond, wordt naar een mogelijke andere oorzaak gezocht. Groeiafwijkingen kunnen bijvoorbeeld ook veroorzaakt zijn door onaangepast substraat of gebruik van herbiciden. Technieken zoals pH- en geleidbaarheidsmetingen of biotoetsen m.b.v. tuinkers worden dan toegepast.

Inlichtingen

Sven InghelbrechtKurt Heungens

For questions or feedback about this website: webmaster@ilvo.vlaanderen.be,
also if you would like to use photos published on this site.
Copyright © 2014 Diagnostic Centre for Plants